명탐정 코난 최대의 위기일발!
단 한 사람이라도 게임에서 살아남으면 현실세계로 돌아올 수 있지만, 그렇지 않으면 모두가 죽는다.

의문의 살인사건 발생! 다잉메시지 ‘JTR’의 의미는?!
IT 회사 신드라 컴퍼니가 개발한 ‘코쿤’이라는 체험 시뮬레이션 게임 시연회에 참석한 코난. 그러나 게임이 시작되기 몇 분 전, 게임개발자인 카시무라가 ‘JTR’이라는 의문의 다잉 메시지를 남기고 살해 당한다. 메시지를 본 코난은 가상 게임 속에 살인 동기가 있을 것으로 직감하고 50명의 아이들과 함께 게임에 참여하게 된다.

게임에서 지면 모두가 죽는다!
하지만 인공 두뇌 ‘노아의 방주’의 서버 침입으로 게임은 통제불능의 상태에 빠지게 되고, ‘노아의 방주’는 19세기 전설적인 살인마 ‘잭 더 리퍼’를 이기지 못하면 게임에 참가한 50명의 아이들의 뇌를 전부 손상시키겠다고 협박하는데……

원조 명탐정 ‘셜록 홈즈’를 만나라!
코난은 게임스테이지 중 100년 전 런던의 베이커가를 선택하고, ‘잭 더 리퍼’라는 전설적인 살인마를 잡으라는 미션을 수행하기 위해 명탐정 ‘셜록 홈즈’를 찾아간다. 그리하여 손에 땀을 쥐는 숨막힌 추격전이 시작되고, 코난은 이 게임에서 이겨야만 친구들의 생명을 구할 뿐 아니라, ‘JTR’의 비밀을 풀 수 있는데...